Unico in Puglia, fu fondato nel 1977 dal Prof. Pietro Parenzan, illustre naturalista e docente universitario di biologia marina, che ha dedicato la sua vita allo studio e alla ricerca delle risorse marine e del sottosuolo.

Il mondo sotterraneo del pianeta Terra si svela attraverso migliaia di reperti di natura biologica, geologica, antropologica e paleontologica che danno vita alle quattro sezioni di Biologia del sottosuolo, Geologia, Paleontologia generale e Paleontologia umana. Una sottosezione del  museo è dedicata alla speleologia, ricca di diversi tipi di concrezioni (stalattiti, stalagmiti, cortine, elicliti, latte di monte, pisoliti, etc.).

Il materiale biologico è sicuramente quello di maggiore pregio poiché è costituito da elementi troglofili e troglobi provenienti dalle grotte di tutto il mondo, come il noto anfibio urodelo Proteus anguinus o i pesci ciechi dei pozzi della Somalia, gli insetti e i crostacei cavernicoli della grotta di Zinzilusa e della Cueva del Drach (I. di Maiorca).

La parte dedicata alla geologia raccoglie numerosi tipi mineralogici e campioni di rocce raccolti sia in stazioni locali sia in importanti giacimenti del pianeta. La sottosezione del museo, relativa alla speleologia, è dedicata al fenomeno del carsismo con le più tipiche concrezioni di grotta, stalattiti, stalagmiti, pisoliti ed elicliti.

La collezione di paleontologia generale raccoglie numerosi fossili dai più antichi (paleozoico) fino a quelli relativamente più recenti (Neozoico o Quaternario).

La sezione di paleontologia umana racconta la straordinaria evoluzione dell’uomo, dall’Uomo di Neanderthal all’Homo Sapiens moderno, co rarissimi reperti fossili rinvenuti in grotte cultuali di Marina di Camerota o nelle gravine pugliesi.

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